一、概念的区别
商用密码，是指对不涉及国家秘密内容的信息进行加密保护或者安全认证所使用的密码技术和密码产品，该处密码产品和技术特指经过国家商用密码管理局指定的密码算法和产品。
内网安全，是基于内网安全和可信计算理论研发的内网安全管理产品，以非商用密码技术为支撑，以身份认证为基础，以数据安全为核心，以监控审计为辅助，可灵活全面地定制并实施各种安全策略，实现对内网中用户、计算机和信息的安全管理，达到有效的用户身份管理、计算机设备管理、数据安全保密存储和防止机密信息泄漏等目标。
二、受辖部门的区别
商用密码的受辖部门：国家密码管理委员会及其办公室（以下简称国家密码管理机构）主管全国的商用密码管理工作。省、自治区、直辖市负责密码管理的机构根据国家密码管理机构的委托，承担商用密码的有关管理工作。
内网安全的受辖部门：国家公安部
三、科研和生产权限区别：
商用密码的科研任务由国家密码管理机构指定的单位承担。商用密码产品由国家密码管理机构指定的单位生产。未经指定，任何单位或者个人不得生产商用密码产品。
内网安全的研制采用开放式管理，只要是国内合法的法人单位，即可研制，产品通过公安部的产品和认证即可销售。
四、所用密码技术和算法的区别
商用密码：采用国家密码管理机构指定编码理论和技术，编制的商用密码算
法和相关设备。
内网安全：不采用商用密码技术，综合公开的编码算法和系统控制技术，实现内网安全的管理目标。
五、质量检测机构的不同
商用密码：商用密码产品，必须经国家密码管理机构指定的产品质量检测机构检测合格。
内网安全：通过解放军信息安全测评中心、国家信息安全测评中心和公安部信息安全测评中心的认证和评测。
六、销售许可证颁发部门以及许可证内容不同
商用密码：经审查合格的单位，由国家密码管理机构发给《商用密码产品销售许可证》。
内网安全：经审查合格的单位，由国家公安部发给《计算机信息系统专用安全产品销售许可证》。
七、对境外组织的销售权限管理不同
商用密码：根据《商用密码管理条例 中华人民共和国国务院令第273号》销售商用密码产品，必须如实登记直接使用商用密码产品的用户的名称（姓名）、地址（住址）、组织机构代码（居民身份证号码）以及每台商用密码产品的用途，并将登记情况报国家密码管理机构备案。进口密码产品以及含有密码技术的设备或者出口商用密码产品，必须报经国家密码管理机构批准。任何单位或者个人不得销售境外的密码产品。
内网安全：没有相关的条例限制，具备下列条件者可销售：（一）有熟悉内网安全产品知识和承担售前售后服务的人员；（二）有完善的销售服务规章制度；（三）有独立的法人资格。
八、产品的转让和报废途径不同
商用密码产品的用户不得转让其使用的商用密码产品。商用密码产品发生故障，必须由国家密码管理机构指定的单位维修。报废、销毁商用密码产品，应当向国家密码管理机构备案。
内网安全产品的用户可以转让其使用的内网安全产品，故障以及报废可以找提供产品的厂商解决。
九、宣传、公开展览的条件不同
商用密码：必须事先报国家密码管理机构批准。
内网安全：开放式。
